Der Arbeitsbereich Militär ist durch die Zusammenführung von Militärverwaltung und Kreiskommando entstanden. Als einen Teil des Ressorts Admin konzentrieren sich die Verwaltungsaufgaben mehrheitlich auf Organisations- und Kommissionstätigkeiten. So betreuen die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Kreiskommandos im administrativen Bereich die Angehörigen der Armee vom Orientierungstag, bis hin zur Entlassung aus der Wehrpflicht. Gleichzeitig erfüllt das Kreiskommando Basel-Stadt sämtliche Aufgaben des Kontrollführers für die Stadt und für die beiden Landgemeinden, Riehen und Bettingen.

Die umfassende Orientierung der Stellungspflichtigen sowie nach dem Wohnkantonsprinzip das Dienstverschiebungswesen bilden die eigentlichen Hauptaufgaben. Überdies ist die Gruppe Militär für das Schiesswesen und die Kontrolle über die Erfüllung der obligatorischen Schiesspflicht verantwortlich.